Cell:你的身高誰(shuí)做主?揭示身高遺傳模式的新發(fā)現(xiàn)
生命科學(xué)
Life science
整體身高通常被認(rèn)為是身體不同區(qū)域(例如脊柱、腿部)分區(qū)生長(zhǎng)的結(jié)果,例如,相同身高的人,腿長(zhǎng)可能并不一樣,從而導(dǎo)致身體的比例不同。人類(lèi)身高如此多樣性的變化源自構(gòu)成長(zhǎng)骨生長(zhǎng)板(也就是骨骺線)的軟骨細(xì)胞的調(diào)控變化。然而,目前我們?nèi)狈?duì)人類(lèi)骨骼中軟骨細(xì)胞的表觀遺傳調(diào)控和基因表達(dá)的了解,因此無(wú)法理解控制身高生物學(xué)的基本調(diào)控機(jī)制。
近日,哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究人員在Cell Press旗下期刊Cell上發(fā)表了題為:Functional genomics of human skeletal development and the patterning of height heritability 的研究論文。該研究揭示了人類(lèi)骨骼發(fā)育的功能基因組學(xué)和身高遺傳模式。

在探索復(fù)雜、高度多基因性狀的遺傳基礎(chǔ)的過(guò)程中,人們正在對(duì)越來(lái)越大的樣本量進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS),以識(shí)別性狀建立相關(guān)的遺傳突變。
這種方法已應(yīng)用于人類(lèi)各種表型研究,從體質(zhì)特征(例如身高、體重指數(shù))到常見(jiàn)疾?。ɡ绨柎暮D?、糖尿病等)。例如,一項(xiàng)針對(duì)身高的GWAS薈萃分析,涉及500多萬(wàn)人,揭示了約1.2萬(wàn)個(gè)與潛在相關(guān)突變位點(diǎn),這些位點(diǎn)主要位于非編碼調(diào)控元件區(qū)域。通過(guò)大規(guī)模的遺傳學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究證實(shí)了非編碼基因組對(duì)復(fù)雜性狀的重要性,這些研究揭示了大量非編碼突變?nèi)绾瓮ㄟ^(guò)近端(順式調(diào)控)和遠(yuǎn)端(即反是調(diào)控)機(jī)制影響基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。因此,復(fù)雜性狀可能通過(guò)在轉(zhuǎn)錄水平上起作用的廣泛調(diào)控網(wǎng)絡(luò)來(lái)控制,但會(huì)受到相關(guān)細(xì)胞類(lèi)型突變的表觀遺傳背景的影響。
這些研究還表明,對(duì)于某些復(fù)雜性狀,基因關(guān)聯(lián)的分布會(huì)遍及整個(gè)基因組,其潛在遺傳結(jié)構(gòu)是大量多基因的,甚至是“全基因的”,即小效應(yīng)貢獻(xiàn)分散在整個(gè)基因組中。總的來(lái)說(shuō),這解釋了歸因于每個(gè)性狀的很大一部分變異性。這些小效應(yīng)通過(guò)反式效應(yīng)被綜合起來(lái),即遺傳變異影響那些與性狀“相關(guān)”的“外周”基因,這些基因通過(guò)與性狀相關(guān)的細(xì)胞調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(例如通過(guò)轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)關(guān)系)更直接地整合到那些更“核心”的性狀生物學(xué)相關(guān)的基因上。身高被認(rèn)為很可能是極度多基因遺傳的。然而,身高在多大程度上符合從全基因模型概念化中得出的預(yù)期,仍有待通過(guò)在相關(guān)細(xì)胞類(lèi)型上生成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證。換句話(huà)來(lái)說(shuō),目前普遍缺乏一種方法來(lái)建立一個(gè)客觀的框架,以檢驗(yàn)任何特定的復(fù)雜性狀是否符合全基因性。
在這項(xiàng)新研究中,研究團(tuán)隊(duì)提出了一種新方法來(lái)測(cè)試身高這一被研究最多的復(fù)雜性狀的全基因性特征。
首先,研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)從發(fā)育中的人類(lèi)骨骼不同生長(zhǎng)板的軟骨細(xì)胞樣本中生成大量的表觀遺傳和轉(zhuǎn)錄組學(xué)圖譜,發(fā)現(xiàn)了塑造人類(lèi)骨/關(guān)節(jié)發(fā)育的新型調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。軟骨細(xì)胞是人體骨骼發(fā)育過(guò)程中重要的身高生物學(xué)基礎(chǔ)。
由于整體身高通常被認(rèn)為是身體不同區(qū)域(例如脊柱、腿部)分區(qū)生長(zhǎng)的結(jié)果,因此,研究團(tuán)隊(duì)還闡明了發(fā)育中骨骼具有區(qū)域特異性的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),解析了骨骼元件特異性變異和整體作用變異對(duì)骨骼生長(zhǎng)的調(diào)控影響,揭示了調(diào)控多效性在控制身高變化中的首要重要性。
接下來(lái),研究團(tuán)隊(duì)利用這一龐大的數(shù)據(jù)集,結(jié)合GIANT聯(lián)盟和英國(guó)生物樣本庫(kù)(UK Biobank)最近對(duì)身高全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)進(jìn)行的大規(guī)模薈萃分析,探索表觀遺傳修飾、基因表達(dá)、調(diào)控變異和身高之間的關(guān)系。
利用這些豐富的關(guān)聯(lián)圖,研究團(tuán)隊(duì)描述了身高的遺傳基礎(chǔ),并使用它們來(lái)測(cè)試全基因模型。然后,研究團(tuán)隊(duì)對(duì)2型糖尿?。═2D)進(jìn)行了單獨(dú)的獨(dú)立檢查,以進(jìn)一步證明該方法具有更廣泛的適用性。
總的來(lái)說(shuō),該研究為我們理解復(fù)雜性狀提出了一種新方法,包括在一個(gè)廣泛的調(diào)控框架內(nèi)整合高分辨率分子數(shù)據(jù)集和遺傳關(guān)聯(lián)信息,可以擴(kuò)展到其他復(fù)雜性狀的研究,進(jìn)一步揭示了連接基因型和表型的潛在生物學(xué)機(jī)制。

相關(guān)論文信息
▌?wù)撐臉?biāo)題:
Functional genomics of human skeletal development and the patterning of height heritability
▌?wù)撐木W(wǎng)址:
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286742401256X
▌DOI:
https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.10.040
CellPress細(xì)胞出版社
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網(wǎng)址: Cell:你的身高誰(shuí)做主?揭示身高遺傳模式的新發(fā)現(xiàn) http://m.u1s5d6.cn/newsview1592324.html
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