9月24日，中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所靳文菲研究組在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上，在線(xiàn)發(fā)表了題為scMMO-atlas: a single cell multimodal omics atlas and portal for exploring fine cell heterogeneity and cell dynamics的研究論文。該研究構(gòu)建了首個(gè)單細(xì)胞多模態(tài)數(shù)據(jù)庫(kù)scMMO-atlas，研發(fā)了涵蓋300多萬(wàn)個(gè)細(xì)胞的單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)的在線(xiàn)查詢(xún)平臺(tái)scMMO-atlas。同時(shí)，該研究通過(guò)scMMO-atlas數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)了小鼠大腦皮層中的新細(xì)胞亞群Astro-Grm3和Ex-L6-Tle4-Nrf1等。

單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)技術(shù)并行捕獲同一細(xì)胞的多種模態(tài)信息，已成為多角度和多維度解析細(xì)胞異質(zhì)性的工具。近年來(lái)，單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)快速積累，但由于數(shù)據(jù)分散，影響了數(shù)據(jù)的訪(fǎng)問(wèn)和利用。為利用單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)公共數(shù)據(jù)，亟需發(fā)展統(tǒng)一處理和整合數(shù)據(jù)的單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。

該研究收集和整合了70多個(gè)高質(zhì)量的單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)集，構(gòu)建了scMMO-atlas數(shù)據(jù)庫(kù)。scMMO-atlas包括852個(gè)樣本的3,168,824個(gè)細(xì)胞的單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)。scMMO-atlas作為交互式的門(mén)戶(hù)網(wǎng)站，提供多種模態(tài)和整合數(shù)據(jù)的可視化和特征分析，如細(xì)胞類(lèi)型注釋、細(xì)胞亞群的表達(dá)標(biāo)簽、細(xì)胞亞群特異性染色質(zhì)可及性、基因模塊和數(shù)據(jù)集模塊，并允許用戶(hù)上傳數(shù)據(jù)和下載分析結(jié)果。

該研究對(duì)scMMO-atlas中的小鼠大腦皮層scATAC+RNA數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析，發(fā)現(xiàn)了一個(gè)高表達(dá)Grm3的早期星形膠質(zhì)細(xì)胞亞群，并命名為Astro-Grm3。進(jìn)而，研究發(fā)現(xiàn)了Ex-L6-Tle4的祖細(xì)胞亞群Ex-L6-Tle4-Nrf1。這表明scMMO-atlas提供的的單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)大數(shù)據(jù)增加了統(tǒng)計(jì)能力，利于新的生物學(xué)發(fā)現(xiàn)。

研究工作得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃和國(guó)家自然科學(xué)基金等的支持。

論文鏈接

scMMO-atlas

scMMO-atlas構(gòu)建流程和功能概況

整合單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)尋找新細(xì)胞亞群

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