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合成生物學(xué)創(chuàng)新大賽之湖北大學(xué)戰(zhàn)隊: CL7

來源:泰然健康網(wǎng) 時間:2024年12月12日 19:51

66751654126458765iSynBio造物聯(lián)合合成生物學(xué)創(chuàng)新大賽推出《大賽項目揭秘專題》,本期為第四期,嘉賓為湖北大學(xué)B409-G.O.A.T團隊,參賽項目為CL7-Taq——少年意氣江湖夢。

聯(lián)合發(fā)布:《合成生物學(xué)》期刊、生物世界、iSynBio愛星博、深圳市合成生物學(xué)協(xié)會。歡迎更多媒體支持,請聯(lián)系isynbiopr@siat.ac.cn

項目背景

我是Taq DNA聚合酶,A型DNA聚合酶家族的一員。我們的祖先Taq DNA聚合酶是第一個應(yīng)用到PCR中的耐熱DNA聚合酶,也由此開啟了自動化PCR時代,使得PCR技術(shù)得以發(fā)揚光大,運用在更加廣闊的天地。我們的使命便是傳承這一技術(shù),不負先輩的期望。但是新的DNA聚合酶的發(fā)現(xiàn)撼動了我們的地位,比如具有更高保真性的Pfu聚合酶,同時具有RNA聚合酶活性的Tth DNA聚合酶等等。于是懷著想要守住TaqDNA聚合酶家族榮耀的決心,我們家族不斷改變自我,變得更強。

我們家族以來一直都有幾大弱點,族人們都努力想要去克服,也有許多成員通過努力變得強大了。其中有一些學(xué)會了縮骨功,更好地適應(yīng)狹小的空間(結(jié)構(gòu)域重組);有一些結(jié)識了同伴,一起闖蕩天涯,取長補短(不同聚合酶混合使用);一些通過量身設(shè)計的定向改造獲得新生(定向進化得突變體),拓寬了Taq酶的應(yīng)用范圍,應(yīng)用于qPCR,Sanger測序,TA克隆等領(lǐng)域。他們都為我的強大之路提供了很好的經(jīng)驗。

但是我深知盲目努力是致命的,而看清自己的弱點,對癥下藥,才是變強路上高效的第一步,因而,我放緩了腳步,先開始審視自身的不足:

?不夠強壯,在對抗90°C以上高溫時,半衰期明顯縮短;

?3'→5'的外切酶校正功能的缺失,導(dǎo)致我遇到困難模板擴增時,經(jīng)常比較茫然,錯誤率較高;

?對施展武功的環(huán)境要求嚴苛,很容易受到PCR抑制劑的干擾,導(dǎo)致功力全失。    

“這么多弱點,我應(yīng)該從哪一點開始克服好呢?”看著眼前的弱點清單,我暗自發(fā)愁。許是上天看出了我的苦惱,就在我苦苦思索之時一位身穿白衣帶著白手套的神秘人,似不經(jīng)意間般,丟下了一本小冊子?!芭尽钡囊宦曇粢鹞业淖⒁?,以為是高人不小心落下的,拾起便想追去歸還,但四下張望神秘人早已不見了蹤影,而小冊子上赫然寫著《CL7神功》。

項目技術(shù)線路

“神功?CL7?這是個啥?”看著這個只有幾頁的小冊子,端詳許久,終于在好奇心的驅(qū)使下,我翻開了它。

只見第一頁印著幾個大字:“CL7—牢固結(jié)合DNA,穩(wěn)穩(wěn)的?!?/p>

“哦?好厲害的樣子,以前從未聽說過呢!仿佛有點道理,或許,這就是我的成神之路!。”于是我迫不及待的往后翻了一頁,第二頁仿佛是個練功圖(流程圖),看上很簡單的樣子。

24921654126459340流程圖

看著眼前貌似不是很復(fù)雜的流程圖,我信心滿滿,依葫蘆畫瓢照著這個功法圖練了起來,是先練右邊那一招呢(Cl7放C-端)還是先練左邊那一招呢(Cl7放N-端)花了好久的時間,從夏末練到了初冬,但是功力并未見長。我一度想要放棄,“不行,我不能就這么輕易地放棄,一定是我忽略了什么,我要多試幾遍才成,”我在心中給自己加油鼓氣的想。

主要成果 

不知又過了多久,一股丹藥(Buffer)的清香飄過我的鼻尖,“?!狈路鹩惺裁礀|西打破了我身體的某種枷鎖,我好像悟了。站在樹下的靜靜地看著周圍的一切仿佛什么都沒有變,但又好像變了。重新來到DNA擴增的階梯,我打算試試身手,不試不知道,一試,我心中更有數(shù)了。只見我:

?行走如風(fēng):更快——CL7-Taq DNA聚合酶延伸速率比Taq DNA聚合酶更快,約4kb/min;

?心細如發(fā):更高——CL7-Taq DNA聚合酶對模板的靈敏度更高,提高了100倍,可以檢測到1×10-7 ng/μL (1×103 aM)的模板。CL7-Taq酶的熱穩(wěn)定性也更高了。

?堅不可摧:更強——CL7-Taq DNA聚合酶對于常見的PCR抑制劑肝素、乳鐵蛋白、血液、還有鹽離子等,耐受性顯著提高,對肝素的耐受最高可達到14 μg/μL,對乳鐵蛋白的耐受性是3.5 μg/μL,血液的耐受為4%。     75461654126459635至此,我打通任督二脈,在醫(yī)學(xué)臨床診斷,基因分型、DNA測序等領(lǐng)域都嶄露頭角。比如 在對小鼠尾間組織進行基因分型的實驗中,只需在裂解液中加熱2min我便可以擴增出目的基因組片段;用小鼠血液作為模板,在稀釋10倍的溶液中我也可很好地完成任務(wù),無需破碎等提純等操作,極大地縮短了檢驗時間,而這一點便是讓我感到極具使命感和成就感的一點:

現(xiàn)階段,和日益變強的新冠病毒大Boss的戰(zhàn)斗刻不容緩,疫情防控保衛(wèi)戰(zhàn)更是非同小可,間不容發(fā)。作為新冠檢測中認可度最高的qPCR技術(shù)中重要的一份子,我們Taq酶家族利用5’→3’的外切神功,釋放分子信標5’端的熒光報告基團告訴人們新冠來了,快做好防御,準備戰(zhàn)斗!

但我知道,這遠遠不夠。

在與新冠病毒的抗爭中,我們只有變得更快,更強,更靈敏,更準確,才能揪出潛伏在人類小伙伴身邊伺機作亂的千變?nèi)f化、詭計多端的病毒,為伙伴們構(gòu)筑出一道更加堅固的健康防線。

項目完整內(nèi)容(Wiki網(wǎng)頁)http://www.synbiochallenges.com/wiki/2021/B409_G.O.A.T/index.html

關(guān)于我們

我們是來自湖北大學(xué)B409-G.O.A.T

B409-G.O.A.T團隊由四位經(jīng)驗豐富的老師:羅靜雯、王飛、陳晚蘋、翟超,一群積極好學(xué)的本科生:朱沁靈、毛思源、榮譽、尹春蔻、魯?shù)强?、熊星辰、付紫洋和吳雨桐,以及嚴謹?shù)难芯可芩缄辖M成。雖來自不同專業(yè),但小伙伴們各司其職,各揚所長,在老師和師兄師姐的悉心指導(dǎo)下,共同合作完成項目。在這里,大家收獲的不僅是基本重要的實驗技能,耐心認真的科學(xué)素養(yǎng),更結(jié)識了對科研充滿好奇心,對學(xué)術(shù)保持敬畏心,對實驗堅持嚴謹心的小伙伴們和前輩們,在一次次的溝通交流與協(xié)調(diào)中,懂得了合作與堅持的重要性。

29921654126459680羅靜雯

60921654126459933

指導(dǎo)老師:

羅靜雯

博士,副教授,碩士生導(dǎo)師

研究方向:藥劑學(xué),靶向藥物傳遞系統(tǒng)設(shè)計,緩控釋給藥系統(tǒng)研究

王飛

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指導(dǎo)老師:

王飛

博士,講師

研究方向:合成生物學(xué),綠色生物制造,基因工程,新型可編程核酸酶的挖掘與應(yīng)用研究 社會兼職:湖北省生物工程學(xué)會會員

陳晚蘋

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指導(dǎo)老師:

陳晚蘋

實驗師

研究方向:基因工程、分子酶工程、合成生物學(xué)

翟超

86101654126461345

指導(dǎo)老師:

翟超

副教授,碩士生導(dǎo)師 研究領(lǐng)域:生化和分子生物學(xué)

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合成生物學(xué)是生命科學(xué)領(lǐng)域一門新興的前沿交叉學(xué)科和典型的匯聚技術(shù)。它通過融合工程科學(xué)理念與生命科學(xué)原理及基于多學(xué)科的使能技術(shù),設(shè)計合成新的或改造天然的生命系統(tǒng),揭示生命規(guī)律、構(gòu)筑新一代工程生物體系;被喻為“認識生命的鑰匙”(造物致知)、改變未來的顛覆性技術(shù)(造物致用)。

合成生物學(xué)創(chuàng)新大賽主要面向在校大學(xué)生以及在讀碩士研究生。本屆創(chuàng)新大賽包括醫(yī)療、農(nóng)業(yè)、環(huán)境、制造、信息、基礎(chǔ)研究及創(chuàng)新應(yīng)用等多個領(lǐng)域,鼓勵學(xué)生從興趣出發(fā),探索合成生物學(xué)在不同領(lǐng)域的創(chuàng)新和應(yīng)用。首屆創(chuàng)新大賽將于 2022 年 7月9-10日在深圳理工大學(xué)線下舉行。

大賽由中國生物工程學(xué)會合成生物學(xué)分會指導(dǎo)和主辦。大賽由二十多家高校和研究所共同發(fā)起。大賽的共同承辦單位是中國科學(xué)院深圳理工大學(xué)(籌)合成生物學(xué)院、中國科學(xué)院深圳先進技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所、深圳合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院、深圳市合成生物學(xué)協(xié)會、 深圳市工程生物產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新中心、DeepTech。

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