益生菌通常較為安全，沒有明顯副作用。益生菌很多是人體腸道里正常的微生物，尤其臨床上使用的雙歧桿菌、乳酸桿菌這一類益生菌，本身是胃腸道菌群的一種正常組成部分，是腸道里共存的一種微生物，做成藥后不會有明顯副作用。

有一些益生菌，如地衣芽孢桿菌，本身不存在于腸道里，長期使用以后有時候可能有輕微的副作用，整腸生主要用來止瀉，有時候會有便秘副作用，但是這種副作用較輕微，停服后很快能緩解，一般很安全。

一些較危重病人，尤其腸黏膜屏障功能受損的重癥病人，給予益生菌的時候有通過腸黏膜屏障造成細菌入血的危險，但是具體是否有入血的細菌，是否會造成危害，目前沒有定論。所以總體益生菌較為安全，沒有明顯的副作用，可以把它作為健康、保健的食品，或者治療消化不良、便秘、腹瀉的藥物使用。

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