遺傳病變異篩查白皮書
遺傳病變異篩查白皮書
1. 簡介
遺傳病是由于遺傳物質(zhì)改變而引起的疾病。根據(jù)遺傳物質(zhì)的改變形式,遺傳病可以分為染色體疾病、單基因病和多基因病,其中單基因病是由于單個基因突變所引起的疾病,這類疾病在親子之間傳遞規(guī)律遵循孟德爾遺傳定律,因此也被稱為孟德爾遺傳病。
根據(jù)世界衛(wèi)生組織的統(tǒng)計,以及美國加州大學洛杉磯分校醫(yī)學中心發(fā)表的文章顯示,在全球范圍內(nèi),每個健康人平均攜帶 6 個潛在致病性基因突變,并且遵循孟德爾遺傳定律。在中國,每年新增出生缺陷約為 90-100 萬例,出生缺陷發(fā)生率約為 5.6%,其中單基因病占比高達 22.2%。
為降低我國人口出生缺陷,提高人口素質(zhì),基因?qū)氶_發(fā)了遺傳變異篩查板塊,旨在幫助用戶了解自身是否攜帶單基因遺傳病的致病變異,降低潛在的生育風險。
2. 使用說明
檢測方法使用的是基因芯片技術(shù);
遺傳變異篩查板塊只檢測單基因遺傳??;
本檢測所采用的檢測方法并不適于檢測染色體的數(shù)目及結(jié)構(gòu)異常、某些 DNA 大片段的缺失、拷貝數(shù)變異以及特殊類型的突變;
本檢測所采用的 DNA 來自于受檢者的唾液,而非來自生殖細胞,因此并不能排除嵌合現(xiàn)象所致的基因解讀偏差;
遺傳變異篩查的目的是為了了解該疾病的發(fā)病原因或評估遺傳風險,僅作為粗篩使用;
如未檢出特定基因的致病突變位點,即為陰性結(jié)果,并不能排除患某種疾病的可能性;
檢測項目會隨著指南的更新和研究取得新進展而不斷增加。
3. 遺傳病選擇標準
遺傳變異篩查項目來源主要基于美國醫(yī)學遺傳學與基因組學學會(ACMG)和美國婦產(chǎn)科醫(yī)師學會(ACOG)發(fā)布的關(guān)于攜帶者篩查指南 《Carrier Screening in the Age of Genomic Medicine》和人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫(OMIM),并結(jié)合中國實際情況,參考由中國罕見病聯(lián)盟和北京協(xié)和醫(yī)院編寫的《罕見病診療指南(2019年版)》,從中選取出更適用于中國人群的遺傳病項目。具體的標準如下:
基因型與表型關(guān)系明確;
在新生兒期或嬰幼兒期發(fā)病;
會造成智力殘疾或嚴重的身體損害;
需手術(shù)干預或終身藥物治療;
經(jīng)產(chǎn)前診斷確診后可以通過產(chǎn)前干預、妊娠期干預、新生兒特殊護理等改善結(jié)局。
4. 位點確認標準
遺傳病篩查位點主要參考 OMIM 數(shù)據(jù)庫和 Clinvar 數(shù)據(jù)庫,并結(jié)合《罕見病診療指南(2019年版)》,選取其中功能方面已得到多次驗證并且在中國人群中較為常見的位點,具體標準如下:
在 Clinvar 數(shù)據(jù)庫與疾病相關(guān)位點中屬于 Pathogenic & Multiple submitter 或 Pathogenic & reviewed by expert panel 或 Pathogenic & practice guideline 分類下的位點;
FDA 或 CFDA 等相關(guān)國家機構(gòu)建議輔助診斷檢測;
有至少兩篇獨立文獻提供支持;
具有相對明確的生理功能驗證。
5. 檢測過程
具體內(nèi)容詳見實驗流程白皮書。
6. 性能驗證
重復性驗證
為了確保檢測平臺的精確性,因此需要選擇不同實驗員在不同時間使用不同批次的芯片對同一樣本進行重復實驗,以此確保實驗的精確性。
首先對 100 個標準品進行 Sanger 測序,然后分別選擇 3 組實驗人員在不同時間選擇不同批次的芯片進行 3 次基因分型實驗,并將基因分型的結(jié)果與 Sanger 測序結(jié)果進行對比。結(jié)果發(fā)現(xiàn),基因芯片最低的精確性為 99.5%,最高達到 99.9% ,平均精確性 > 99.6% ,能夠確保檢測平臺的精確性,滿足用遺傳變異篩查板塊檢測的需求。
準確性驗證
同一樣本的 DNA 序列在理論上是完全一致的,但由于實驗存在一定的隨機誤差和系統(tǒng)誤差,因此需要驗證誤差是否會對檢測結(jié)果準確性產(chǎn)生影響。
基因?qū)氝x取 100 個標準品首先進行 Sanger 測序,然后將 Sanger 測序結(jié)果與芯片測序結(jié)果進行對比,結(jié)果表明,Sanger 測序結(jié)果與基因?qū)毿酒瑱z測結(jié)果一致率 > 99.8%。
注意:生物實驗由于要求很高,因此存在一定的失敗率,根據(jù)目前統(tǒng)計結(jié)果,實驗失敗率< 1%,失敗的主要原因歸因于樣本質(zhì)量不合格。
7. 檢測局限性說明
檢測結(jié)果可能未覆蓋所有與該病有關(guān)的遺傳變異;
檢測結(jié)果可能會隨著相關(guān)證據(jù)的更新而發(fā)生變化;
檢測結(jié)果不直接等同于臨床診斷,但在某些特定情況下(例如在醫(yī)生的指導下),檢測結(jié)果可能用于輔助臨床診斷;
如有相關(guān)臨床需求,請咨詢具有資質(zhì)的機構(gòu)或醫(yī)生,并在醫(yī)生的指導下使用。
8. 參考文獻
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Christianson A, Howson CP, Modell B. March of Dimes Global Report on Birth Defects. March of Dimes Birth Defects Foundation, 2006.
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人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫. https://www.omim.org/
遺傳病相關(guān)個體化醫(yī)學檢測技術(shù)指南(試行).
中華人民共和國衛(wèi)生部. 中國出生缺陷防治報告 (2012) [R]. 中華人民共和國衛(wèi)生部, 2012:3.
《遺傳變異分類標準與指南》中國遺傳學會遺傳咨詢分會.
中華人民共和國國家衛(wèi)生健康委員會. 罕見病診療指南 (2019 年版).
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網(wǎng)址: 遺傳病變異篩查白皮書 http://m.u1s5d6.cn/newsview1558446.html
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