治療食管炎的藥物也有副作用，一般多表現(xiàn)為胃腸道癥狀、神經系統(tǒng)癥狀、增加肝臟及腎臟負擔害等。

患有食管炎后多會使用抑酸藥物治療，比如:雷貝拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑等，在短時間內合理的應用可以幫助緩解癥狀，但是長期、大劑量的服用這類藥物有可能會出現(xiàn)惡心、嘔吐、腹痛等消化系統(tǒng)癥狀。有些患者還可能會出現(xiàn)頭暈、頭疼等神經系統(tǒng)癥狀。

另外，還需要使用粘膜保護劑，比如:硫糖鋁、枸櫞酸鉍鉀等，在服用有些患者多會出現(xiàn)便秘、腹瀉等胃腸道反應。個別患者在服藥期間還可能會出現(xiàn)大便變黑、呼出的氣體帶有氨氣味等癥狀。

甚至，還需要使用促進胃動力的藥物，比如:多潘立酮、莫沙比利等。這類藥物在服用的過程當中會出現(xiàn)口干、惡心、腹瀉、胃燒灼感、頭痛、瘙癢等副作用。

上述藥物在服用的過程當中會經過肝、腎代謝，長時間的服用可能會對肝臟、腎臟增加負擔。

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